Vrtača Vodenica se uvršča med udorne vrtače. Udorne vrtače so površinski kazalec močnega in agresivnega podzemeljskega toka, ki raztaplja in odnaša obsežnejšo kamninsko gmoto globlje v podzemlje. Na njihovem dnu se nahaja stalen vodni izvir, znak podzemeljskega pretakanja.
Vrtača Vodenica je največja in najgloblja vrtača na kraški učni poti od Lebice do Krupe. Leži sredi gozda pri vasi Brstovec. Globoka je 46 metrov. Na njenem dnu je manjši obzidan izvir, ki so ga ljudje nekdaj uporabljali za pitje in za napajanje živine. Vrtača Vodenica je vodnata tudi ob suši. Občina Semič je leta 2011 izvir Vodenica obnovila.
Po ustnih virih je bilo na pobočju vrtače Vodenice nekdaj veliko polhov, ki so imeli zavetja v starih deblih hrasta, gabra in bukve. Domačini so jih tukaj redno lovili za prehrano in zaradi kožuhov.
